Mã Anh Cửu bắt đầu làm việc cho Tổng thống Tưởng Kinh Quốc sau khi có học vị tiến sĩ với công việc phiên dịch và trợ lý. Sau đó Mã Anh Cửu đã được thăng chức chủ tịch Hội đồng Nghiên cứu, Phát triển và Đánh giá thuộc Viện hành chính năm ông 38 tuổi, trở thành thành viên trẻ nhất trong nội các Trung Hoa Dân quốc.

Mã Anh Cửu đã giữ cương vị Phó tổng thư ký của Quốc dân đảng từ năm 1984 đến năm 1988, và cũng giữ các chức vụ Phó Hội đồng Đại lục, một cơ quan cấp nội các phụ trách các quan hệ qua eo biển Đài Loan. Tổng thống Lý Đăng Huy đã bổ nhiệm ông làm Bộ trưởng Bộ Tư pháp năm 1993. Mã Anh Cửu đã bị cách chức này vào năm 1996. Những người ủng hộ ông rằng ông bị bãi chức do ông đã nỗ lực chống tham nhũng và chính điều này đã tạo nên một hình ảnh trong sạch cho ông. Dù chống tham nhũng, ông vẫn ủng hộ Quốc dân đảng chứ không ủng hộ Tân Đảng, một đảng được nhiều người ủng hộ vì chống tham nhũng. Sau khi làm quốc vụ khanh trong một thời gian ngắn, ông trở lại với môi trường học thuật và nhiều người đã cho rằng sự nghiệp chính trị của ông đã kết thúc trên thực tế.

Trong cuộc bầu cử tháng 1 năm 2012, Mã Anh Cửu đã tái đắc cử tổng thống. Theo kết quả kiểm phiếu sơ bộ, ông đã giành được khoảng 51,5% phiếu bầu, trong khi đối thủ chính là bà Thái Anh Văn, Chủ tịch Dân Tiến đảng (DPP) được khoảng 45,7% số phiếu.[3]

Ngày 20.05.2016, Mã Anh Cửu rời ghế tổng thống trao lại cho Thái Anh Văn - ứng viên đảng Dân chủ Tiến bộ (DPP) đắc cử với 58,1% số phiếu trong cuộc bầu cử Tổng thống Đài Loan 2016.